3-38、1-15…は「文の順番-文字の順番」の暗号になってます。
最初の文は1つ目、「。」で区切られた次からが2文目…という風に数えます。
「、」も1文字に加算し、漢字は読み仮名が何文字あろうが1文字にカウントします。
これで見ていくと5-10,6-2,2-12,5-3がミカエルなのも納得できると思います。
これで3-38,1-15…を見ていくと、
「ひとつみっつよっついつつふたつ」(回答にはこれを入力)

別解の方は、これを別の暗号で示したもの。
16 44 24…は
こんな表を作れば読めます。

10 09 08 07 06 05 04 03 02 01
わ ら や ま は な た さ か あ 00
　 り 　 み ひ に ち し き い 10
を る ゆ む ふ ぬ つ す く う 20
　 れ 　 め へ ね て せ け え 30
ん ろ よ も ほ の と そ こ お 40

縦と横の数字を足した数が一致するものがその文字になり、
16 44 24…は「ひとつみつつよつついつつふたつ」
適当に「つ」を「っ」と変えれば、さっきと同じ答えになります。

この読み方で最後の10 4 13…を読むと、
「わたしゆりはらおさむはころされるいちさんこによん」
↓
「わたしゆりはらおさむはころされるいちさんごによん」(回答にはこれを入力)
↓
「私 百合原修は殺される 1 3 5 2 4」です。