今のところわかった事は。

謎青年はどうも神、または天使かなんからしい。謎のオーパーツは天使の遺伝子モデルがはいってたのね。その聖なるものに対抗する勢力がアンノウンと呼ばれてる一連の生命体。その2種に属さないのが人間。
OPの謎タペストリと20話の科白から察するところ。謎青年(神？)は人間を愛してる。でも力を持つのは好ましくない。だから楽園にとどめていたけど、人間は自立の為か何かに唆されたのか、とにかく力を得る。その結果失楽園。
地上にはアンノウンがいた(らしい)。力をえた人間は地上におりた(らしい)。その力は単純に超能力とさらになんかキれちゃった(笑)アギト。その変身過程らしいギルス。その二人が人類の守護者になってアンノウンと闘って、今にいたる・・・(らしい)。
この辺(らしい)ばっかりだけど、井上とちょっとシンクロしてみました(笑)

で、現代。2年前に一足お先にアギトが覚醒したらしい。その人物が誰かわかんないけど。(ひょっとして真魚ちゃんのお父さん・・・？)でも沢木(仮)にアギトは殺されてしまった。その結果沢木(仮)は本名の津上翔一の名前を捨て、謎青年の使徒になった。そして今、謎青年から権威の一部とやらを借りうけて謎パワーを手にして、人間を覚醒させて歩いてる・・・らしい。

アカツキ号遭難事件。怪しい光に包まれて遭難寸前の所に駆けつけ、ムリヤリ人々を助けた、アカツキ号の英雄・氷川刑事はじめG3チーム。コイツだけが覚醒云々とは今のところ関係ないらしい。でもさあ・・・一番対アンノウンの矢面に立ってるのにね。
どうもそのアカツキ号の生存者はみんな覚醒をはじめてるらしい。さらに謎機関にみんな所属しているみたい。それがいやな人達は一人またひとりと消されて行く・・・ギルス・涼くんのお父さんとか、心が壊れてしまったお姉さんとか。(この人はアンノウンに殺されてるけどね・・・)

アカツキ号でただひとりの行方不明者が出たところで、入れ替わりのように｢津上翔一｣と書かれた封筒を持った遭難者が出る。借りに津上翔一と呼ばれるこの青年、記憶まで失っていた。美杉教授の家に引き取られる。コイツがなんの冗談だか、アギトなんだよな・・・翔一くん。悩みがないらしい。いきなり女の部屋に転がりこんだり、そこに変な兄ちゃんが(しかもワーワーうるさい(笑))が転がりこんでも、記憶がなくても、うっかりアギトに変身しても、おまけにバイクが変身しても変形しても、まったく気にしない。タフだ。この作中一番幸せな主人公。
さらに真魚ちゃんのお父さんの殺害現場に居合せたらしい。この事件も謎が多い。どうも殺害直前にあってたのがこの美杉教授らしいし。真魚ちゃんも引き取ってるし、翔一くんまで引き取ってるし、人がよさそうな顔をして結構食わせ者かも・・・

お父さんの死からアカツキ号事件にかかわるギルス・涼くん。一番事件に振り回されてるのに、一番謎から遠ざかってるかわいそうな石森ヒーロー(笑)ギルスはアギトになるための一形態らしい。だからちょっとワイルド。この先順調に進化すると、アギトになるてことなのかなあ？謎。

謎をいじって深読みどころか妄想の領域だけど。

・アンノウンのコト。
どうも現代に出現したアンノウンが古代の神々の姿をしてるのは逆説で、アンノウンをその特異な力から古代人が神とあがめたということらしい。何故かエジプトからインド系の神々が多い。ように見えるのは私の気のせい・・・？
その辺から考えると。謎青年が属する世界は西洋世界で、そこから失楽園した人類が先住の神々を打ち倒したとか。その堕ちた神々がアンノウン・・・なのかな？古代エジプトは魔術の源流だしねえ・・・
そう考えると、地に伏したアンノウンが現代になって(何故か)甦って、謎青年とその使徒とその愛する人類から地上の覇権を取り戻そうとしてるとか。それを察知した謎青年は姿を隠してる。現代人がそんな古代の記憶を失って謎青年の力が落ちてるとか。そんな理由？

・翔一くんの正体。失われた記憶のコト。・真魚ちゃんのお父さん殺人事件のコト
翔一くんが実は真魚ちゃんのお父さんの若返った姿だったリしたら笑うね。お父さんが実はアギトで。そこを沢木(仮)に殺されて。行き場を失った謎アギトパワーがとっか飛んでって、アカツキ号に落っこちて。それがアカツキ号遭難事件。で、ぶっ飛んだ謎アギトパワーとお父さんの中身は翔一くんになるの。お父さんの死体は実はアカツキ号で行方不明になってる人。時間を超えて入れ代わった訳。中身が。
これだと完全にギルス涼くんは巻きこまれだね。お父さんがアカツキ号に乗ってたからその因縁でギルスになったとか。本来ギルスはお父さんで。でもお父さんはホームレスで死んじゃったから、息子にそのパワーがいったとか。

・謎青年のコト
実は！謎青年は肉体を持たないとか。オーパーツにある遺伝子モデルから生まれた子供・・・女の腹から生まれなかったものということで、無垢なる者だから謎青年が降臨したとか。はじめは肉体の檻に囚われていたのでアンノウンの所にいたりして。アンノウンにしてみればまだ子供のうちに手なずければ・・・とかっていとで行動を共にしてたとか。

・・・一応の説明をつけてみました。
アンノウンの謎、謎青年の謎、アギト・ギルスの謎。
ただこれだとアンノウンを完全に独立したひとつの種族にした事で矛盾があるのよ。謎青年とアンノウンがどうやら繋がってるらしいし。くらげくんなんて完全にシンクロしてたし。
そこんところがネックかな・・・